可重複使用飲水瓶的妙處就在於可多次使用。你可以隨時拿到可飲用自來水龍頭下面灌水，但瓶子如果總是潮濕的，其實它並沒得到很好的清潔。
由於潮濕黑暗的環境容易滋生細菌，保持每晚清洗飲水瓶的習慣是必要的，或者至少應每隔幾天洗一次。以下就是美國生活時尚網站POP SUGAR介紹的幾種水瓶除菌除垢的方法。

一、放入洗碗機：有些瓶子可以耐受洗碗機的，你需要看看瓶子的底部或查看品牌的網站以確保無虞。Kleen Kanteen經典不銹鋼瓶，以及Lifefactory和BKR品牌的玻璃瓶就可以放心放入洗碗機，Nalgene和CAMELBAK的一些產品也可以。

二、用溫肥皂水清洗：倒出瓶中殘留的液體，加幾滴洗碗精和適量溫水，擰好蓋子，搖晃一分鐘左右。用奶瓶刷在瓶內做深度刷洗也是必要的，尤其是窄口瓶。徹底清潔瓶蓋和吸管，一晚上即可晾乾。

三、用醋洗：作為全天然清潔劑，醋可以殺滅某些病菌和細菌，但有些病菌它無能為力，比如流感病毒。你可以使用這種方法除滅病菌：用肥皂水洗滌瓶子後，沖洗乾淨，將白醋灌至五分之一水位處，然後注滿清水、放置過夜，早上再徹底沖洗乾淨。

四、用稀釋的漂白劑：如果你真的擔心病菌，或許不會反對用少許漂白劑。

五、使用水瓶清洗藥片：很多企業都生產這種類型的產品，包括Camelbak（12美元8個），你也可以用Efferdent這樣的假牙清潔泡騰片。將水瓶灌滿水，放入水瓶清洗藥片，等其溶解後，靜置15〜30分鐘（遵產品說明）；最後用清水沖洗，瓶子就復歸潔淨了。